南方醫科大學深圳醫院是深圳市醫療衛生“三名工程”的重大項目，由深圳市政府按照三級甲等醫院標準投資新建的市屬公立醫院，按照“管辦分離”的模式委托南方醫科大學管理，成為大學的第六所直屬附屬醫院。
　　醫院總占地面積82412㎡，規劃總床位為2500張。一期工程投資20億元，建筑面積171204㎡，展開床位1000張，設計日均門診量8000人次。
　　南方醫科大學深圳醫院將以大學整體資源和深圳醫療衛生“三名工程”政策為依托，發揚深圳與南醫人敢為人先的精神，用五年時間建成集醫療、教學、科研為一體的三級甲等綜合性醫院，為深圳市人民的生命健康、城市的可持續發展做出貢獻。